Les dreyfusards ont proclamé leur victoire quand la Cour de Cassation a annoncé la nécessité d'une deuxième Cour Martiale pour Dreyfus à Rennes. La petite ville était bondée de journalistes et de spectateurs curieux quand le procès a commencé le 7 août 1997. Le procès a eu lieu dans une ancienne école. On voyait dans la salle de classe un procureur, deux avocats pour la défense, et un jury de sept officiers.
    La presse dreyfusarde était très optimiste au début du procès. Les six journalistes de l'Aurore à Rennes s'attendaient à la remise en liberté de Dreyfus, et le Siècle croyait que le procès "ne durerait pas plus qu'une heure." Le Figaro anticipait "la justice essentielle" pour l'innocent.
    À cette époque, le gouvernement français se trouvait perturbé par les agitations antisémites en France et en Algérie. Parmi les rumeurs d'un coup d'état, le ministère de l'intérieur a pris des mesures contre les chefs des Ligues Antisémites en France et en Algérie, Guérin et Regis. Comme il s'attendait à cette attaque, Guérin et ses fidèles se sont retirés à la maison parisienne du chef, un immeuble qu'il a converti en une fortresse armée.
    Drumont a blâmé Waldeck-Rousseau et son cabinet pour la persécution de ses amis, les antisémites. Il a proclamé que Waldeck-Rousseau était à la tête d'un "Syndicat de trahison" qui avait occasionné une "terreur juive" parmi ses camarades. La Croix, ne voulant pas de l'agitation contre les antisémites aussi proche du début du procès, a qualifié les actions du gouvernement de "sans sagesse." Rochefort a appelé la persécution des antisémites une attaque contre "des citoyens simples et modestes."
    La Libre Parole a écrit un commentaire sur chaque jour du procès. Drumont a annoncé le "coup de massue" contre Dreyfus après l'interrogation de l'ancien Ministre de la Guerre, Mercier, le 12 août. Selon la Libre Parole et la Croix, les témoignages de Mercier ont "prouvé" l'existence du Syndicat juif.
    Cornély du Figaro trouvait le témoignage de Mercier tellement "monstrueux" qu'il a aidé la cause dreyfusarde. La Petite République a écrit que, à cause de ses mensonges, "Mercier est maintenant le coupable."
    Le 14 août, on a essayé d'assassiner Labori, l'avocat de Dreyfus, avec un coup de feu dans le dos. L'assassin n'a jamais été identifié, mais Labori croyait que c'était un des policiers qui le protégeait!
    Le Siècle a utilisé cet attentat pour souligner la lâcheté des anti-dreyfusards. Le journal a écrit que la tentative était un projet développé par ceux qui avaient peur de l’interrogatoire de Mercier par Labori. Le jour de l'incident, Labori aurait interrogé Casmir-Perier, l'ancien président de la République, qui a réfuté beaucoup d'attestations de Mercier.
    La presse anti-dreyfusiste a aussi attaqué l'action de l'assassin. Selon Rochefort, le coupable était fou comme Waldeck- Rousseau. Pourtant, quand Labori s'est rétabli rapidement, la presse anti-dreyfusiste a écrit que la blessure de Labori était seulement une farce. La Croix a dépeint l'affaire comme une petite pièce de théâtre avec le but de diriger le sentiment public contre les antisémites. Labori était enragé à cause de ces fausses accusations, et il a commencé des poursuites judiciaires contre le journal.
    Le pape Leo XIII s'est élèvé contre ces attaques violentes des antisémites. En mars 1899, il a donné un entretien au Figaro dans lequel il a dit qu'il espérait qu'on ne transformerait pas l'affaire Dreyfus en une bataille religieuse. Il a aussi prévenu les antisémites contre la possibilité de l'action par l'état s'ils ne modéraient pas leurs attaques. Les antisémites n'ont pas écouté les instructions du pape. La Libre Parole a répondu avec la déclaration que le pape "n'était pas assez bien informé" de la situation en France.
    Après ces premières attaques contre les antisémites, le gouvernement s'est calmé. Le procès de Dreyfus durait pendant des semaines. Les deux côtés de l'affaire étaient agités. Ils voulaient de l'action: les anti-dreyfusards voulaient la remise en liberté de tous les prisonniers antisémites, et les dreyfusards voulaient qu'ils fussent tous mis devant la cour.
    La cause dreyfusarde a souffert quand la cour a décidé d'admettre les témoignages des amis de Quesnay de Beaurepaire, un des chefs du mouvement anti-dreyfusard. Parmi ces témoins se trouvait Mertian de Multer, un avocat de Lille qui a proclamé que, quand il était dans le palais de l'Empereur de l'Allemagne en 1894, il avait vu une copie de la Libre Parole dans sa chambre. Sur le journal, l'Empereur avait écrit "Dreyfus est arrêté." Ceci pour dire que l'Allemagne suivait de près l'Affaire et y portait un intérêt tout particulier.
    Les dreyfusards étaient enragés par l'admission du témoignage de Multer par la cour. Ils trouvaient ces accusations complètement ridicules. Quand la cour a refusé de considérer les attestations d'Allemagne et d'Italie que Dreyfus était innocent, la presse dreyfusarde est devenue plus pessimiste.
    Le Figaro a écrit que le résultat du procès "n'était plus certain," et Cornély considérait la situation comme une lune carré: "la loi de la gravité est reversé, . . . les gens marchent sur leurs têtes." Jaurès a écrit dans sa Petite République que, si le jury trouvait Dreyfus coupable, ce seraient des "meurtriers."
    Le 9 septembre 1899, les sept officiers du jury ont trouvé Dreyfus coupable avec une vote de 5 à 2. Dreyfus souffrirait 10 ans de plus de prison, une autre dégradation, et des amendes. Les deux officiers qui ont voté pour Dreyfus n'acceptaient pas ce verdict sans qu'on inclue "les circonstances attenuantes" dans la charge.
    Pour les conservateurs, le verdict a marqué une triomphe. Parmi les cris de joie, Drumont a clamé, "Traître condamné. Mort aux Juifs! Vive l'armée!" La Libre Parole a demandé la démission du président et du cabinet parce qu'ils ont soutenu Dreyfus, un ennemi de l'état. Selon Rochefort, le verdict a "sauvé la France."
    Le verdict a eu comme résultat des manifestations antifrançaises partout dans le monde. Les gens d'origine française se trouvaient persécutés partout, et des manifestants à Budapest ont attaqué le consulat français. La Suisse et les États-Unis ont proclamé qu'ils boycotteraient L'Exposition Universelle de 1900. Le Siècle a écrit que la France entière serait coupable pour la condamnation de Dreyfus, et que le pays serait vu par tout le monde comme injuste. Le Temps a prétendu que les deux votes pour Dreyfus dans le deuxième procès ont prouvé son innocence.
    Le 12 septembre, le Temps a publié un éditorial proposant que Dreyfus soit pardonné. Ni les dreyfusards ni les anti-dreyfusards ne voulaient cela. Les dreyfusards préféraient l'exonération complète pour Dreyfus, et les anti-dreyfusards voulaient la mort de l'officier à l'Ile du Diable.
    Le Figaro a vu un pardon pour Dreyfus comme un bon compromis. Ce serait une "bonne acte" qui rétablirait "une équilibre morale entre la France et le monde" et qui résoudrait le conflit interne du pays. De l'autre côté, Rochefort croyait que Loubet "n'avait pas le droit" de mentir devant toute la France en donnant un pardon à un coupable.
    À cette époque, le pape a averti encore les anti-dreyfusards. Il les a encouragé d'éviter "la ferveur séparée de la connaissance," un comportement qu'il considerait "insupportable." En 1900, le gouvernement a dissous l'ordre Assomptioniste, méné par de Bailly, l'éditeur de la Croix. Après cette action le gouvernement se dévouait à l'annulation du Concordat de 1804 par lequel l'état payerait les salaires des cleriques.
    Après le pardon, la communauté juive a commencé des poursuites judiciaires contre les antisémites. Régis, chef des antisémites algériens, a été condamné d'avoir provoqué des manifestations antisémites, et il a reçu trois ans de prison et une amende de 1,000 francs. Drumont a reçu une amende de 4,000 francs après que le Baron Henri de Rothschild l'a accusé de la calomnie.
    Avec ces procès contre les antisémites, la France regagnait peu à peu de la confiance en ses cours. Pourtant, des sentiments anti-juifs restaient dans le pays; ils allaient se manifester prochainement dans le spectacle d'horreur qu'on appellerait "l'Holocaust."